体型

扬子鳄身长1—2m，头部扁平，吻突出，四肢粗短，前肢5指，后肢4趾，趾间有蹼爬行和游泳都很敏捷。尾长而侧扁，粗壮有力，在水里能推动身体前进，又是攻击和自卫的武器。 [3]  它们的头部相对较大，鳞片上具有更多颗粒状和带状纹路，眼睛呈土色。体重约为36公斤。它们的头部相对较大，鳞片上具有更多颗粒状和带状纹路。扬子鳄鳞甲本质上与真皮鳞类似，而形成方式与鸟类羽毛的发生有相似之处。

器官

皮肤腺有3种：背腺、泄殖腔麝腺和下颌腺。背腺仅在胚胎或幼鳄背中线左右两侧第2行鳞片下呈对称分布，以后出现不对称的退化，至成体时则呈不对称分布，因此是一种退化器官。泄殖腔麝腺和下颌腺均属全泌腺，其功能与交配和繁殖有关。扬子鳄舌腺有简单的单管腺和复杂的复管泡状腺2种类型，主要分布于舌尖及舌背中线两侧的固有层内，具滑润食物和排泄氯化钠的功能。连续低温孵化将抑制舌腺的发育或阻止舌腺的形成。成年扬子鳄味蕾集中分布于舌中部，而胚胎期，于孵化第48天才开始发生，除舌尖最前部外，其余舌表面都有不同发育阶段的味蕾，这可能也是一种退化现象。扬子鳄食管上皮为复层柱状纤毛上皮，上皮表层细胞由柱状纤毛细胞和杯状细胞组成，其发生与鸟类有类似之处。扬子鳄胃上皮，在胚胎期曾一度出现过杯状细胞，随之凋亡。胃腺有2类，贲门腺及幽门腺为单管腺（少数也有分枝），胃腺为分枝管状腺，它们均由胚胎时期的胃上皮向固有膜内陷形成。

扬子鳄

组织化学研究表明，贲门腺和幽门腺主要由粘液细胞组成，但在腺管底部也可能具有壁细胞和主细胞；胃底腺细胞组成与哺乳类相似。相比较哺乳动物，扬子鳄小肠肠壁缺少粘膜肌层，绒毛由固有膜向肠腔突入或由上皮向固有膜内直接凹陷形成，小肠腺主要分布于十二指肠的前段，孵化第52天，小肠绒毛上皮和大肠皱襞上皮中才出现明显的杯状细胞。扬子鳄肝和胰细胞超微结构及其形成方式与鸟类基本一致。扬子鳄呼吸系统中气管和支气管的粘膜层含有纤毛细胞、粘液细胞和基细胞3种细胞，而在胚胎期，气管和支气管上皮中只能区分为亮细胞和暗细胞2种，其纤毛细胞和粘液细胞可能是在孵出后形成的。但肺上皮中纤毛细胞在孵化第46天时已明显形成。其肺上皮Ⅰ、Ⅱ两型细胞、喉的组织结构及形成过程与哺乳类较相似。作者对扬子鳄胚胎外周血液研究发现，血细胞的类型和形态可明显地分为2个时期，孵化第40天之前各型血细胞幼稚细胞所占比例大，而第40天后则幼稚细胞所占比例很小，这与其骨髓在孵化第40天之前形成相符合。扬子鳄肾脏结构与其它爬行类相似，但其近曲小管和收集管上皮细胞中不具有质膜内褶，远曲小管上皮细胞有少量质膜内褶，这与其淡水生活相吻合。

生理

扬子鳄的组织结构特点和生理变化规律与生活习性及生活环境相适应。如发达的嗅觉、视觉和听觉与陆上捕食、营巢等行为相适应，特殊的肺小腔结构及味蕾构造又具有适应水生生活的特点，血糖浓度的季节变化与扬子鳄的冬眠期、活动期或繁殖期的周期性交替相适应。扬子鳄胚胎学研究对于探讨扬子鳄的系统进化，确认其分类地位提供了有益的启示和证据。如扬子鳄胚胎早期的胃上皮出现过杯状细胞，说明扬子鳄与较低等的两栖类动物亲缘关系甚远；鳞甲及喉腔的形成方式等又提示我们，扬子鳄与鸟类和哺乳类均有相类似之处；背腺的发生及退化过程进一步证实了扬子鳄与密河鳄具有相当近的亲缘关系，二者具有共同的祖先，但成年密河鳄仍具有两侧对称的背腺，据此推测，扬子鳄比密河鳄可能具有更高层次的分类地位，或者说密河鳄是一种比扬子鳄更为古老的鳄类。